Моделирование и предсказание укладок белковых цепей при помощи регулярных и нерегулярных пространственных решеток Рыкунов Дмитрий Станиславович
Рыкунов Дмитрий Станиславович. Моделирование и предсказание укладок белковых цепей при помощи регулярных и нерегулярных пространственных решеток : диссертация . кандидата физико-математических наук : 03.00.02.- Пущино, 2001.- 88 с.: ил. РГБ ОД, 61 02-1/4-9
Содержание к диссертации
Глава 1. Обзор литературы 5
1.1. Решеточные модели белков как инструмент их исследования 5
1.2. Предсказание пространственной структуры белков: обзор современного состояния проблемы 12
Глава 2. Поиск (построение) конформации цепи на кубической решетке, наилучшим образом приближающей пространственную структуру белка 24
2.1. Моделирование хода главной цепи белка на решетке. Метод глобальной минимизации 24
2.2. Решеточные модели белковых цепей с боковыми группами 38
2.3. Построение решеточных моделей больших белков с применением теории самосогласованного поля 42
2.4. Построение решеточных моделей, оптимизированных по энергии парных взаимодействий 50
Глава 3. Предсказание пространственной структуры белка по его аминокислотной последовательности 54
3.1. Поиск структуры с наименьшей энергией в молекулярном поле. Метод «протягивания»: модель и теория 54
3.2. Метод «протягивания»: результаты и обсуждение 64
3.3. Возможность предсказания новых мотивов укладки цепи 68
3.4. Использование гомологичных последовательностей и структурно похожих белков для улучшения качества предсказания 70
Предсказание пространственной структуры белков: обзор современного состояния проблемы
В первом параграфе этой Главы дан краткий обзор развития теоретических исследований белков с применением различных моделей. Начавшись с попыток предсказания белковых структур при помощи упрощенных моделей в непрерывном пространстве, эти исследования вскоре в значительной степени стали проводиться на регулярных решетках. Введение решеточных моделей, в свою очередь, довольно быстро сместило акцент этих работ с предсказания структуры реальных белков на изучение общих физических закономерностей, определяющих механизмы их сворачивания и стабильности. Тем не менее, задача предсказания пространственной структуры реальных белков осталась по-прежнему актуальной, что привело к возникновению новых подходов и методов ее решения.
Более того, развитие методов предсказаний белковых структур, с одной стороны, и все возрастающая потребность в создании таких методов (в частности, как уже упоминалось, вследствие выполнения проектов по секвенированию геномов различных организмов, включая человека), привели к возникновению всемирного эксперимента по «слепым» предсказаниям, который проводится раз в два года