Белок KR2. Оптогенетика. Лаборатория перспективных исследований мембранных белков МФТИ. Структура KR2 по Пикотехнологии Кушелева. Для авторов: Георг Бюлдт (Georg Bueldt) , Валентин Горделий, Валентин Борщевский, Вадим Черезов, Иван Гущин

На уровне вторичной структуры очевидно, что нет там альфа-спиралей, заявленных в PDB.

Татьяна Рясина пишет:

"Кристаллическая структура натриевого насоса"

Под данным РСА - сплошные альфа-спирали, а программа Пикотех показывает пи-спирали и программные спирали. Во всей структуре попался только один виток альфа-спирали и 4 одиночных витка 310-спирали

Понятно. Четвертичную структуру с пятеричной симметрией разглядели, а третичную структуру заполнили альфа-спиралями, которых в этом белке нет. Надо будет построить 3D модель, когда ошибки в 3D-версии Пикотех будут исправлены.

>ENA|BAN14808|BAN14808.1 Dokdonia eikasta sodium pumping rhodopsin ATGACACAAGAACTAGGGAATGCCAATTTCGAAAATTTCATTGGAGCTACAGAAGGATTTTCTGAAATTGCTTATCAATTTACATCACATATCCTTACGTTAGGGTACGCAGTGATGCTTGCAGGATTACTATACTTTATCCTTACCATCAAAAATGTAGATAAAAAATTCCAAATGTCGAACATATTATCAGCTGTGGTAATGGTATCGGCATTTTTGCTATTATATGCGCAGGCACAAAACTGGACATCCAGTTTTACCTTTAATGAAGAAGTAGGAAGATATTTTTTAGATCCGAGTGGTGATCTATTTAATAACGGATATCGCTATCTTAACTGGCTCATCGATGTACCTATGCTTCTCTTTCAAATTCTATTTGTAGTAAGTTTAACTACTTCAAAATTTAGCTCTGTACGTAACCAATTCTGGTTTTCTGGGGCAATGATGATTATTACTGGGTACATTGGACAGTTTTATGAGGTAAGTAACTTGACTGCCTTTTTAGTATGGGGAGCTATTTCATCTGCTTTTTTCTTCCATATTTTATGGGTTATGAAGAAGGTAATTAATGAAGGAAAAGAGGGGATTTCCCCAGCAGGACAAAAAATACTTTCTAATATCTGGATCTTATTTTTAATATCATGGACTTTATATCCAGGAGCTTACTTAATGCCATACCTTACTGGAGTAGACGGATTTTTATATAGTGAAGATGGCGTGATGGCTAGACAACTAGTATACACTATTGCAGATGTAAGTTCTAAAGTTATCTATGGTGTATTATTAGGTAACCTAGCAATTACATTAAGTAAAAACAAAGAGTTGGTTGAAGCAAATAGCTAA

Проект он-лайн сервиса "Структура белков по нуклеотидной последовательности"

[20:12:40] Andrei: в чем открытие?[20:12:49] Andrei: комбинация кодонов?[20:17:14] Кушелев Александр Юрьевич: Открытие заключается в том, что три буквы кодируют не только аминокислоту, но и угол поворота этой аминокислоты относительно предыдущей:

[20:17:59] Кушелев Александр Юрьевич: Этот угол (и формы аминокислот) как раз и открывают возможность определять структуры белков по таблице[20:18:08] Andrei: а что не знали что углы есть?[20:18:17] Кушелев Александр Юрьевич: Знали[20:18:23] Кушелев Александр Юрьевич: Но не знали, что эти углы кодируются

Татьяна Рясина пишет:

Александр Юрьевич, сделайте пожалуйста, если будет возможность структуру белка KR2 в старой версии Пикотеха - пятиконечную структуру с молекулами и вариант кольцегранной молекулы с вращением.

Тот белок не так прост. Его в старой версии не сделать.

Татьяна Рясина пишет:

Пикотехнология тоже, как и РСА, показывает этот самый натриевый насос в белке KR2, и если да, то как?

Для ответа на этот вопрос нужно исправить ошибки, т.е построить правильную 3D-модель этой белковой молекулы. Для этого нужна интерактивная версия программы Пикотех, которая уже запланирована, но будет создана не очень скоро. Программист сильно занят зарабатывание денег на жизнь, поэтому программами может заниматься раз в неделю по полчаса. Такими темпами можно год и больше писать интерактивную версию Пикотех-3D.

Татьяна Рясина пишет:

Вы могли бы сделать 3D , 4D структуру белка KR2 на обновлённой версии Пикотеха?

Кушелев: Так новая версия ещё не готова. Программист сильно занят. Пока нашёл время только на усовершенствование 2D-версии.

Но даже на этом уровне хорошо видно, что РСА не "видит" даже вторичную структуру белка. Поэтому исследователи заполняют её кусками альфа-спиралей "от фонаря"

А реальная структура совсем другая.

http://nanoworld.org.ru/post/81583/#p81583Я конечно, могу запустить определение третичной структуры на старой версии Пикотех, но может быть много ошибок. Запускать?

Татьяна Рясина пишет:

А самые новые апрельские структуры Вы в старой версии делаете? Чисто житейски лучше конечно подождать версию без ошибок. А потом выслать профессуре МФТИ.

Да, пока в старой. Для спиральных участков это обычно "прокатывает", но тоже не всегда. Программные спирали бывают разные.

Татьяна Рясина пишет:

Но конечно хочется в старой версии увидеть тоже ))))

Кушелев: Сейчас попробую сделать

📎📎📎📎📎📎📎📎📎📎